Se encuentra ubicada a 3.5 kilómetros del centro de la ciudad de Marcona. Esta área natural protegida es una de las más ricas del litoral peruano debido a la variedad de su fauna. Sus playas concentran la mayor colonia de lobos marinos finos de la costa del Perú y una de las más importantes colonias de lobos marinos chuscos. Además de los lobos marinos, en esta reserva natural habita la mayor colonia de pingüinos de Humboldt; se estima que aquí se concentra más del cincuenta por ciento de la población total de esta especie en el Perú. Durante la visita podremos también apreciar a los simpáticos zarcillos, una colorida e inquieta ave representativa de la costa peruana y las tres principales especies de aves guaneras: el pelicano peruano, el cormorán guanay y el piquero peruano. El recorrido dentro de la Reserva Punta San Juan comprende tres miradores: El mirador de lobos marinos, el mirador de aves guaneras y el mirador de Pingüinos de Humboldt.